La Fase 2 es la etapa en la que los usuarios de los telescopios del OAJ preparan sus observaciones. En el OAJ, las observaciones se ejecutan a través de un sistema robótico. Por ello, para realizar correctamente las observaciones, éstas deben ser proporcionadas utilizando un sistema que cumpla con los estándares del OAJ. Esto se consigue utilizando la herramienta de Fase 2 del OAJ.